El edificio del museo es especialmente destacable, ya que se trata de una casa mudéjar, un hermoso edificio del siglo XIV descubierto durante unas obras. Es conocido como Casa Mudéjar y presenta un repertorio de piezas de yacimientos paleolíticos de la provincia y objetos de la Edad del Bronce excavados en el barrio del Alcázar del núcleo urbano de Úbeda. Las piezas de época romana proceden de Úbeda, la Vieja (la Colonia Salaria fundada por Augusto). También encontramos piezas procedentes del yacimiento ibérico de Castellones de Ceal y exvotos ibéricos del Santuario de Collado de los Jardines.