Le bâtiment du musée est particulièrement remarquable, puisqu'il s'agit d'une maison mudéjar, un bel édifice du 14ème siècle découvert lors de travaux de construction. Elle est connue sous le nom de Casa Mudéjar et présente un répertoire de pièces de sites paléolithiques de la province et d'objets de l'âge du bronze fouillés dans le quartier Alcazar du centre urbain d'Úbeda. Les pièces de l'époque romaine proviennent d'Úbeda, la Vieja (la Colonia Salaria fondée par Augusto). On retrouve également des pièces du site ibérique de Castellones de Ceal et des ex-voto ibériques du Sanctuaire du Collado de los Jardines.