De la primitiva ermita nada queda, ya que a lo largo del siglo XVI y sobre los cimientos de ella, se levantó un santuario, destruido gran parte de él durante la pasada Guerra Civil (1936-1939). El asedio y la defensa del Santuario de la Virgen de Cabeza fue magnificado por el franquismo. Pero hasta llegar a ser sede parroquial, el Santuario ha pasado por distintas vicisitudes, desde su origen. Según todos los indicios, las obras de construcción comenzaron en 1287 y terminaron en 1304 siendo primero una pequeña ermita que el pueblo de Andújar edificara en pleno corazón de Sierra Morena. Sin embargo las ampliaciones y reformas han sido casi constantes a través de los tiempos alcanzando su máximo esplendor en el siglo XVI, años 1530 y 1590, cuando se convirtió en Santuario, muy parecido al que hoy conocemos.

En 1945 el arquitecto Prieto Moreno, conservador de la Alhambra, dirigió las obras de restauración del conjunto arquitectónico, que vino a convertirse en uno de los símbolos más preciados del nacionalcatolicismo del dictador Francisco Franco. La romería se sigue celebrando, como es costumbre y tradición, el último domingo de abril, aunque la imagen que se venera, talla del escultor granadino Navas Parejo, no es la primitiva, pues esta desaparece en extrañas y aún no aclaradas circunstancias en la citada contienda.

Gracias al Libro de Cabildos de la Cofradía (1554-1565), conservado en el Archivo Diocesano de Jaén (dado a conocer por J. Domínguez, R. Frías y S. Lázaro), sabemos numerosos datos sobre el nivel de las obras de la nueva iglesia renacentista durante estos años, aunque el proceso se inició años atrás; la nueva fábrica se comenzó por la cabecera, construyéndose la capilla mayor, de grandes proporciones, entre los años 1534 y 1541 con arreglo a un plan tardo gótico, quedando separada del resto por una hermosa reja de traza renacentista. Las obras del resto del templo pasaron por diversas manos y circunstancias. La Comunidad Trinitaria ha abordado dos nuevas ampliaciones. La primera consistió en la elevación de la planta de saliente, construyéndose otro pabellón en la zona posterior del ala Norte. Se completó así, de un modo armónico y funcional, toda la estructura del patio claustro. La segunda fase se realizó en 1965 en toda el ala norte, añadiéndose un edificio de tres plantas para ampliar las dependencias de los sacerdotes Trinitarios que atienden al culto, permanentemente desde 1930. La nave central se separa de la Capilla Mayor por una reja del siglo XVI, restaurada por la Escuela de Artes y Oficios de Granada, que cierra un vano con arco de medio punto. El Altar Mayor presenta en el centro un gran espacio, tras el cual se encuentra el camarín de la Virgen; talla de José Navas Parejo, que sustituyó a la antigua desaparecida durante la guerra civil. Las capillas laterales de la nave están ocupadas por diferentes altares, conteniendo diversas imágenes, tales como un Crucificado del escultor Mariano Benlliure, la Virgen del Pilar, el Beato Marcos Criado, San Juan Bautista de la Concepción, la Santísima Trinidad y la Virgen del Carmen. En el coro existe un magnífico órgano, obsequio de la Guardia Civil, inaugurado por el famoso organista maestro Guridi. Tras la Capilla Mayor se encuentra la sacristía.

En 1555 el maestro cantero Domingo de Azpeitia se comprometió a construir un templo de tres naves con soportes columnarios, sin embargo por expreso deseo del prelado don Diego Tavera (1555-1560) este planteamiento fue radicalmente transformado, prohibiéndose la ejecución de los pilares. Don Diego Tavera envió a Andrés de Vandelvira para que diera nuevas trazas para la iglesia, como se apunta en el acta de 27 de abril de 1558 del citado Libro de Cabildos. Vandelvira eliminó los pilares con la idea de proyectar una iglesia distinta, más amplia, de una sola nave con capillas-hornacinas abiertas a ella. En 1559, Vandelvira visitó las obras y presentó nuevas trazas para su conclusión, así como el diseño de la fachada principal.

Durante menos de un año la construcción estuvo bajo el control de Francisco del Castillo “El Mozo”, e incluso la Cofradía llegó a requerir cierto informe de Hernán Ruiz II. En 1562 se solicita por parte de la Cofradía una nueva inspección de Andrés de Vandelvira, pero este no responde. En cualquier caso, el proyecto siguió adelante con los canteros propuestos por Vandelvira, Juan Martínez y Domingo de Jay, los cuales ejecutaron lo que restaba siguiendo las directrices y la planta ideada por el Maestro.

Así debió ser, según se desprende de la descripción que del templo hizo en el siglo XVII Salcedo de Olid: “Es de una nave sin columnas (...) y la capilla mayor es insigne, majestuosa y vistosísima.”. Por los restos conservados después de su destrucción en 1936, efectivamente el templo vandelviriano contemplaba una iglesia de una nave, amplia, cubierta con bóveda de medio cañón y capillas hornacinas, que quedaba separada de la capilla mayor por un potente arco toral. Del exterior, bastante compacto, solo es destacable la fachada de los pies con tres elementos en eje: portada, balcón y espadaña. La desnudez ornamental del conjunto es coetánea con la obra última de Andrés de Vandelvira. La Comunidad Trinitaria ha abordado dos nuevas ampliaciones. La primera consistió en la elevación de la planta de saliente, construyéndose otro pabellón en la zona posterior del ala Norte. Se completó así, de un modo armónico y funcional, toda la estructura del patio claustro. La segunda fase se realizó en 1965 en toda el ala norte, añadiéndose un edificio de tres plantas para ampliar las dependencias de los sacerdotes Trinitarios que atienden al culto, permanentemente desde 1930.

OTRAS MANIFESTACIONES ARTÍSTICAS NO ARQUITECTÓNICAS.

En el Santuario se ha instalado un Museo con diversas y variadas piezas de dispar calidad artística. Entre todas ellas, destacamos dos cuadros del siglo XVII con representaciones de la famosa Romería de Nuestra Señora de la Cabeza, imagen perdida en la pasada Guerra Civil de 1936-1939. Tras la contienda se encargó una nueva talla a los talleres granadinos de Navas Parejo, que es la que se venera desde entonces en el Cabezo. Una de las pocas piezas salvadas de la destrucción del dicho Santuario fue la reja de la capilla mayor, restaurada en 1941 en la escuela de Artes y Oficios de Granada. Contratada en 1564, en ella se representa la aparición de la Virgen al pastor de Colomera.