La fortaleza de la Mota, se asienta sobre un escarpado cerro amesetado, de casi tres hectáreas de superficie, a más de mil metros de altura. Enclave estratégico, desde el que se controlaban los pasos que comunicaban Granada y Almería con Córdoba y las tierras altas del Guadalquivir.

El alcázar, se ubicaba en la zona más elevada de La Mota, ocupando el extremo Noreste. Es un recinto de forma triangular, formado por tres torres: la del Homenaje, la de la Campana o de la Vela y la Torre Mocha. Un conjunto edificado en mampostería, a cuyo interior se accedía a través de una puerta en recodo bajo la Torre del Homenaje que, a pesar de las sucesivas restauraciones, aún muestra su origen islámico en los dobles arcos de herradura, los superiores apuntados, que forman el vano. Esta estructura constructiva es muy similar a las de la Puerta de las Pesas o la de Monaita en Granada, datadas a finales del siglo XI.

En torno al alcázar se dispone la madina, ocupando la totalidad de la cumbre amesetada de la Mota. El recinto amurallado que circunda la meseta, jalonado por torres, se construyó originalmente de tapial de tierra, pero tras la conquista cristiana sus lienzos se revistieron de mampostería o directamente se sustituyeron. Entre las torres destaca la de la Cárcel, una gran albarrana estructurada en tres salas abovedadas, construida entre los siglos XIV y XV, posiblemente sobre los restos de una antigua torre islámica, que defendería el acceso a la madina.

El camino de acceso al interior del recinto se hacía a través de un complejo sistema fortificado compuesto por una rampa encajada entre murallas, en el que había que franquear cinco puertas, de las cuales todavía se encuentran en pie tres: la de las Lanzas, la de la Imagen y la del Peso de la Harina. La subida se iniciaba a través de una primera puerta, de la que apenas quedan restos, defendida y controlada por las torres del Homenaje y Mocha del Alcázar. Una vez en el camino, se asciende hasta una torre albarrana, la llamada puerta de las Lanzas, muy modificada en el siglo XVI. Tras atravesar esta puerta, el visitante encuentra una segunda torre albarrana, de grandes proporciones, que cobija una de las puertas más monumentales, la Puerta de la Imagen, de mampostería, con doble arcada, la primera de ellas con arco de medio punto apuntado, mientras que el segundo, es de herradura, y está enmarcado por una bóveda apuntada de gran altura. Esta puerta es muy similar a la Puerta de la Justicia de la Alhambra de Granada. Siguiendo el ascenso hacia la cumbre de la Mota, se alcanzaba la Puerta de la Aguilera, de las que apenas quedan restos y a continuación la del Peso de la Harina, al final de la rampa, en la que se abren dos arcos apuntados y tras la que se accede directamente a la Plaza Alta. 

Este recinto contaba con otras puertas, como la Puerta de Santiago en el extremo Noroeste y la de San Bartolomé, en el lienzo Suroeste, accesos secundarios que comunicaban la Mota con el exterior de la ciudad.

La puerta del Zaide, en el lienzo sur, comunicaba los arrabales con la madina a través de una calle que ascendía hasta llegar a la Torre de la Cárcel, a partir de la cual se cubría con una bóveda de cañón formando un pasaje que llegaba hasta la Torre del Adarve y a la Plaza Alta, a este tramo abovedado se le denominaba el Cañuto.

En el interior de la madina las investigaciones arqueológicas han documentado parte del entramado urbano, con numerosas viviendas que ocupan la zona occidental de la meseta, que formarían un barrio popular, conocido como el Bahondillo, que también se extendía hacia el alcázar, donde se encontraron viviendas más señoriales.  

La Iglesia Mayor Abacial, que se yergue al sur del alcázar, fue construida entre los siglos XVI y XVII, sobre la primitiva iglesia mandada edificar por Alfonso XI, de la que solo queda la capilla funeraria del Deán Chirinos, construida en el siglo XV en estilo gótico. El templo compila varios estilos artísticos, desde las bóvedas góticas de los pies hasta el manierismo del cuerpo de la iglesia y la portada. En su interior se han hallado numerosas inhumaciones de diferente cronología. En el flanco Sur de la iglesia se encuentra la sacristía, obra del siglo XVII. 

Otros elementos destacados de la madina son las Casas del Cabildo Municipal o las Carnicerías, ambas edificadas en el siglo XVI. Se conservan también aljibes y un nevero.

A partir del siglo XV la ciudad se desborda, surgiendo el arrabal Viejo o de Santo Domingo, que se extiende por la ladera sureste circundado por un tercer recinto. Las investigaciones arqueológicas han sacado a la luz el trazado de las murallas, la trama viaria, las estructuras edilicias, así como numerosos pozos y muladares. En este barrio se encuentran las ruinas de la iglesia de Santo Domingo de Silos, de estilo gótico-mudéjar.

La ocupación del cerro de la Mota se remonta a la primera mitad del tercer milenio a.n.e., con la existencia de un importante asentamiento de la Edad del Cobre en la meseta y sus laderas, donde se han documentado cabañas y silos de almacenaje, que posiblemente se prolongase durante la Edad del Bronce. 

De época romana también se han detectado indicios en la Iglesia Mayor Abacial, que fechan el inicio de la ocupación romana antes del siglo I d.n.e. Se trata de dos aljibes excavados en la roca, estucados y pintados en rojo, y un muro de grandes sillares con un suelo de mortero. La meseta continuaría habitada en los siglos posteriores, como demuestran los enterramientos visigodos de carácter antropomorfo aparecidos en el subsuelo de la Iglesia.
Los musulmanes se instalaron en este asentamiento, que pasó a ser conocido como Qal'at Astalir, debido a la cercanía de una importante fuente de agua, y Qal'at Yahsub, nombre del jefe del grupo familiar que se asentó en su territorio.

La crisis del Califato y el posterior avance de los ejércitos cristianos convirtieron las tierras del Alto Guadalquivir en un incesante campo de batalla con incursiones de desgaste de ambos bandos, lo que provocó la exhaustiva fortificación de las líneas fronterizas. En este contexto se construyeron probablemente los principales edificios de Alcalá. 

En el siglo XI perteneció a la dinastía zirí de Granada, pero fue con los Banu Said, en el XII, cuando recibió el nombre con el que se la conocería hasta la conquista cristiana: Qal' at Banu Said. Bajo el gobierno de los Said mantuvo cierta independencia ante los nuevos poderes norteafricanos de almorávides y almohades, alcanzando un gran auge reflejado en la ciudad, que experimenta su mayor desarrollo urbanístico y arquitectónico. En el área, que actualmente está ocupada por la iglesia Mayor Abacial, se encontraba la medina de la ciudad islámica, con los principales edificios públicos, comerciales, religiosos y administrativos.

A principios del siglo XIII, tras la victoria cristiana en las Navas de Tolosa, los Banu Said abandonaron Al-Andalus, pasando Alcalá a formar parte del reino nazarí de Granada. Su emplazamiento estratégico y su posición como último emplazamiento defensivo en la frontera de los dominios musulmanes, la convirtieron en un enclave codiciado por ambos bandos. Un espacio donde se sucedieron las luchas entre granadinos y castellanos, principalmente por la posesión de esta estratégica plaza, con períodos en los que cambió de manos temporalmente, como ocurrió en 1213, año en que fue conquistada por Alfonso VIII, para volver a dominio granadino poco después. Finalmente, en 1341 Alfonso XI conquistó definitivamente Qal' at Banu Said o Alcalá de Ben Zaide, como la llamaban los cristianos, convirtiéndose en la puerta de Castilla hacia Granada y pasando a ser conocida como Alcalá la Real. 

El rey fundó una abadía de patronato real con jurisdicción propia, lo que se tradujo en un importante desarrollo socioeconómico que hizo que la ciudad sobrepasara el recinto amurallado y se extendiese por las laderas de La Mota. Según las fuentes, Alfonso XI edificó una primera iglesia gótica, sobre la mezquita mayor de la ciudad musulmana, que mantuvo su función religiosa hasta que en el siglo XVI fue sustituida por la Iglesia Mayor Abacial. 

Con la conquista de Granada, la función defensiva de la Mota desapareció, aunque se mantuvo como centro del poder civil y religioso.  

Entre los siglos XVI - XVIII la población se fue trasladando hacia zonas más bajas, al este del cerro, despoblando la antigua ciudad. La iglesia fue el único edificio que siguió en funcionamiento hasta que en 1810 las tropas francesas la incendiaron en su retirada. A partir de ese momento el proceso de abandono y deterioro se aceleró, siendo utilizada como cementerio y sufriendo demoliciones parciales. Desde mediados del siglo XX se han sucedido numerosas excavaciones y restauraciones en todo el conjunto.

En 1931 la Mota, fue declarada Monumento Nacional y en 1967 Conjunto Histórico Artístico.