Su construcción se inició en el año 1538, teniendo un ritmo de crecimiento muy lento a consecuencia de la escasez de recursos económicos. Se construyó casi en su totalidad a finales de ese mismo siglo XVI, trabajando en ella el célebre arquitecto jiennense Ginés Martínez de Aranda.

Durante el siglo XVII se reanudaron las obras y en el primer tercio del siglo XVIII se concluyeron la sacristía, el claustro y la capilla mayor; y a finales del XVIII se construye la torre, que contrasta estilísticamente con el resto de la iglesia.