Fue el primero, y por tanto más antiguo, en funcionar en Valdepeñas. Comenzó a moler el día el 15 de agosto de 1540 y contaba con dos piedras de molienda. Su dueño, Juanín LeClerque, lo denominó Molino Alto de Santa Ana y, además, construyó un segundo molino, llamado el Bajo de Santa Ana que también disponía de dos piedras. Ambos molinos fueron los únicos que existían en Valdepeñas hasta el siglo XVIII.

En 1787, se transformó en molino el batán, utilizado hasta entonces para escardar lana, y que fue construido en el paraje de El Ejido de San Sebastián por doña Catalina González de Medina.

Actualmente está dedicado a museo y dividido en tres secciones: Portal, dedicado a la parte histórica; Molino, dedicado al molino, sus partes y funcionamiento; y Horno, que acoge una pequeña muestra de objetos y técnicas propias de las artes y costumbres populares de Valdepeñas y su comarca.