Le costó el empeño, pero al final, y a pesar de la resistencia de Toledo, en 1534 obtuvo el título, pero no pudieron conservarlo sus descendientes, ya que fue reintegrado a sus anteriores propietarios tras un sonado pleito en 1634. Cobos completaría poco después su sueño de convertirse en un gran señor con la compra de las villas jiennenses de Sabiote, Canena, Torres y Velliza (Valladolid); su esposa, María de Mendoza, redondeó este gran Estado con la adquisición de Jimena, cuyo proceso de compra ya fue iniciado por su marido.

En todos estos enclaves, más en su ciudad natal y en la de su mujer (Úbeda y Valladolid, respectivamente), Francisco de los Cobos proyectó grandes programas edilicios de marcada significación artística y propagandística. Esta doble intención queda perfectamente reflejada en el proyecto de la iglesia de Santa María, que con toda probabilidad quedó a cargo de su hombre de confianza, el deán Ortega, que a su vez confiaría los trabajos y dirección en Andrés de Vandelvira, el maestro de cantería de la Casa, sobre todo a partir de los trabajos en El Salvador de Úbeda.

La nueva iglesia se levantaría sobre el cauce del río Cerezuelo, pero para ello hubo de abovedarse no solo el espacio dedicado a la iglesia, sino también el resto del mismo situado frente a ella. Así el templo cierra y preside la plaza, que además contó con el edificio Ayuntamiento (en la actualidad oculto) y un bello pilar-abrevadero, que Chueca Goitia atribuye a la mano de Andrés de Vandelvira, pese a que la fecha 1606 labrada en su gran cartelón central indique lo contrario. No hemos de olvidar que devuelto el Adelantamiento a Toledo las huellas de Cobos y sus descendientes, los Marqueses de Camarasa, debieron de borrarse en todos aquellos bienes en donde estuvieren presentes.

Aquel templo, ubicado en un enmarque natural único, sufrió una catastrófica riada a fines del siglo XVII, llevándose consigo casi todos sus bienes muebles. El incendio por las tropas napoleónicas en la Guerra de la Independencia dejó la fábrica arruinada, permaneciendo en pie la cabecera, parte de los muros perimetrales, una de las dos torres de los pies, con diversos restos, y una portada en el lado de la Epístola. La destrucción y la escasa documentación hasta ahora encontrada sobre su proceso constructivo, dificulta fijar las etapas y los maestros responsables de su fábrica. En cualquier caso, parece clara la diferencia de estilo entre la cabecera y el resto. Andrés de Vandelvira está presente en la cabecera y capilla de San Isicio, quedando fuera de su lenguaje la parte de los pies y la portada lateral, que, según José María Crespo, pudo correr en buena medida a cargo de Alonso Barba.

La bóveda de cañón acasetonado del presbiterio, el vano serliano del testero, los pilares angulares que conformarían el crucero, con medias columnas corintias y cabezas fantásticas, y la escalera de caracol rematada en un cuerpo cilíndrico son sin duda elementos empleados por Vandelvira en torno a la década de 1540. La bóveda de la capilla de San Isicio, por su parte, guarda estrecha relación con la situada bajo la torre-campanario de El Salvador de Úbeda. La planta, conformada por una nave y crucero a cubrir (al menos en el proyecto inicial) con bóvedas baídas, se aproximaría al tipo de La Guardia, iglesia conventual en la que Vandelvira dejó también lo mejor de su arte en la capilla mayor y crucero.

Las ruinas de Santa María, en la actualidad en proceso de restauración con arreglo al proyecto del arquitecto D. Pedro Salmerón, muestran aún en la actualidad la soberbia arquitectura con la que fue concebida por uno de los hombres más influyentes del siglo XVI en España, don Francisco de los Cobos, que tuvo además la suerte de tener a su servicio a Andrés de Vandelvira, uno de los maestros canteros más sobresalientes del Renacimiento Español.