El conjunto fortificado de Arjona, de época medieval, conformaba un complejo e inexpugnable sistema defensivo, formado por tres recintos amurallados: un primer anillo de murallas jalonado por 24 torres que protegía la ciudad, una Alcazaba y el Alcázar. Contaría además con otros elementos defensivos como un foso, que se ha documentado al sur de la fortaleza y un antemuro que crearía una liza o zona de tránsito. 

En las murallas de Arjona se abrirían siete puertas flanqueadas por parejas de torres, excepto la Puerta Nueva que, en realidad, era un portillo. La mayor parte de estos elementos defensivos fueron construidos con mampostería irregular, que puede considerarse sillarejo, unida con argamasa de cal y arena.

La actual Plaza de Santa María se convirtió durante la Edad Media en la Alcazaba, emplazada en el lugar más elevado de la zona. Un recinto amurallado en el que se levantaban las áreas palatinas que acogían a las clases dirigentes y del estamento militar. Ocupando un extremo de la misma se encontraba el Alcázar, centro político de la ciudad. La Iglesia de Santa María, que preside la mencionada plaza, se identifica con la primitiva mezquita aljama, que se edificaría frente a los palacios islámicos. Junto a ella, se conserva hoy día un gran aljibe medieval, posiblemente almohade, de planta rectangular y cubierto con 3 bóvedas de cañón apoyadas en arcos de medio punto, que descansan sobre columnas romanas, algunas con inscripciones.

En la actualidad permanecen en pie algunos vestigios de sus defensas dispersos entre el caserío, torres y lienzos embutidos en las traseras de las casas, sirviendo de medianeras a viviendas emplazadas en las calles del Reloj, Belén, Sol, etc.  Además, existen fragmentos del antemuro de la Alcazaba en el Paseo de los Mártires, actuando como muro de contención del mismo. También se conservan testimonios de lienzos embutidos en las medianerías que separan el Hospital de San Miguel y la calle Alcázar. 

La ciudad de Arjona ocupa la cumbre y vertientes superiores de un cerro amesetado, desde el que se domina un amplio territorio y las vías de comunicación entre el valle del Guadalquivir y la Campiña. Por su valor estratégico, ha estado ocupada desde la Prehistoria hasta nuestros días. 
En el espacio que hoy ocupa la plaza de santa María se ubicó un asentamiento de las Edades del Cobre y del Bronce. Su ocupación continuará durante el periodo Ibérico, con el establecimiento de un oppidum de medianas proporciones protegido por un sólido recinto amurallado reforzado con bastiones y torres, que rebasaría el espacio de la actual plaza.

Con la llegada de los romanos, el asentamiento se convierte en el municipium de Urgavo, uno de los municipios de mayor importancia a nivel político desde época Augustea y de los primeros que alcanzaron la plenitud de ciudadanía romana. Arjona continuará en poder de Roma hasta el 412 d.n.e., posteriormente, durante el periodo visigodo, el área de ocupación se reduciría a la zona más elevada del cerro.

Tras la conquista musulmana, el linaje de Banu Bayla se asentó en la actual Arjona, que será conocida como Qal´at Aryuna. En estos momentos se reforzaron las murallas y se construye la alcazaba, ocupando lo que fue el oppidum ibérico. Arjona se convirtió en la cabecera de uno de los principales distritos administrativos (Iqlim) en los que fue estructurada la Kura de Yayyan, del que dependerían los asentamientos rurales existentes en su zona de influencia. A finales del siglo IX, el emir Abd Allah mandó fortificar Arjona y Andújar, con el fin de concentrar en estas localidades a la población campesina de su entorno. 

La ciudad de Arjona se consolidaría, al igual que otras poblaciones del Valle del Guadalquivir, entre los siglos XI y XIII, como consecuencia de la inestable situación política en al-Andalus tras la desintegración del Califato Omeya, y por la presión de los ejércitos cristianos. En este periodo se produjo el mayor desarrollo de la ciudad, que se tradujo en un reforzamiento de sus defensas y en la configuración de su entramado urbanístico medieval. En 1232 Muhammad ibn Yusuf ibn Nasr ibn al-Ahmar (Alhamar), originario de Arjona, se proclama sultán en Jaén y seis años después fundará un nuevo reino con capital en Granada.

En 1244, Nuño González sitia Arjona y las autoridades musulmanas pactan la rendición, entregando la ciudad sin resistencia. Pasó a formar parte de las tierras de realengo, constituyéndose como uno de los grandes concejos de Villa y Tierra en los que se estructuraba el reino de Jaén. En el año 1248 le fue concedido el título de Villa por el rey Sancho. En compensación por el apoyo prestado, la ciudad pasó a formar parte del señorío del Condestable de Castilla, Ruy López Dávalos, integrándose posteriormente en las posesiones de D. Álvaro de Luna, quien finalmente la permutaría a la Orden de Calatrava por otras posesiones, que la convirtió en cabeza de Encomienda de la Orden.

La desaparición de la frontera castellano-nazarí dejó obsoletas buena parte de las estructuras que conformaban la cerca murada de Arjona.

LEYENDAS

La yegua del vencedor. Al-lushi poseía una yegua excelente, que llegó a ser tan conocida entre los cristianos de las comarcas vecinas, que el rey castellano, quiso comprarla a cualquier precio. Pero su dueño estaba tan prendado de ella que se la negó. Durante tres noches escuchó una voz en sueños que le decía: “Ve a Arjona y lleva contigo la yegua; pregunta por uno al que llaman Mohammed-ben-Yusuf y en cuanto lo encuentres, véndesela, porque con ella ha de conquistar Jaén y otras ciudades y ha de ser esta conquista muy beneficiosa para las generaciones venideras”. Le contaron que debía tratarse de Alhamar, por lo que partió para Arjona. En la mezquita del castillo le reveló su sueño y acordaron un precio por el animal.  

Un año después, Alhamar tomó el título real en su ciudad natal, Arjona, se apoderó de la ciudad de Jaén y más delante de Córdoba, Sevilla Granada, Málaga, Almería y otras muchas, siendo el fundador de la dinastía y el reino nazarí.