El nuevo edificio fue el resultado de la agregación de varias casas, en las que se transformó y unificó el cuerpo de la fachada. Esta mansión mantuvo su uso hasta 1851, fecha en la que se suprime la Abadía de Alcalá la Real. Tras años de destino incierto, se convirtió en archivo abacial y  residencia del Sr. Arcipreste del Territorio Eclesiástico.

En 1927 el edificio pasó a ser propiedad municipal; instalándose aulas escolares y otros servicios. La Guerra Civil causó importantes desperfectos en el edificio que fue restaurado por la Dirección General de Regiones Devastadas para darle nuevos usos. En 1959 fue sede del Centro Oficial de Patronato de Enseñanza Media, que luego sería Instituto de Bachillerato "Alfonso XI". En 1995 el Ayuntamiento y la Consejería de Obras Públicas de la Junta de Andalucía iniciaron su rehabilitación para usos más acordes a la demanda cultural de la ciudad. 

Actualmente, y tras cuatro años de rehabilitación, el Palacio Abacial es la sede del Museo Municipal. Este nuevo museo ha sido creado con la intención de acoger para su exposición, conservación y difusión, fondos de tipo arqueológico, etnológico, antropológico, paleontológico y científico. Todo este patrimonio se organiza en diferentes espacios expositivos utilizando las nuevas tecnologías. La visita al museo permite conocer de forma innovadora el patrimonio y los vestigios del pasado y de la historia de Alcalá la Real y ofrece al visitante una visión global para conocer las singularidades y atractivos de la ciudad y de su entorno.