El castillo de la Tobaruela es un edificio residencial muy tardío en el que se pueden apreciar los rasgos más evidentes de la evolución arquitectónica que este tipo de fortificaciones sufrió a lo largo del siglo XV. Originalmente fueron castillos plenamente militares con una Torre del Homenaje con una doble función como elemento defensivo y residencial. El proceso de transformación comienza con la articulación de la zona residencial en torno a un patio central y la conversión de la torre en un elemento exclusivamente defensivo. Finalmente, la Torre del Homenaje irá reduciendo su tamaño, llegando incluso a desaparecer, utilizándose el espacio que ocupa para mejorar la articulación de la zona residencial.

Se trata de un castillo de planta rectangular con evidencias de que no fue acabado, que incorpora una torre rectangular en la esquina sureste, que podría identificarse con la del Homenaje, y que tendría como cometido la defensa del acceso principal. En la esquina suroeste, fue emplazada una elegante torre bilobulada organizada en tres plantas abovedadas. Estuvo protegido en tres de sus frentes por un antemuro y un foso seco. 

En el lienzo este se encuentra la puerta principal que permite el acceso al interior de la fortificación, dotado de una portada rectangular de sillares dispuestos a soga y enmarcada por pináculos estilizados, rematados con motivos vegetales. El vano está formado por un arco carpanel con una decoración de molduras en el ángulo interior del arco. Sobre el arco se disponen una serie de escudos heráldicos. Abajo a la izquierda aparece el escudo de Portugal, en referencia a Juana de Portugal, primera esposa de Alonso Sánchez de Carvajal. A la derecha el escudo de Pacheco, por su segunda esposa, María Pacheco. Sobre estos encontramos los escudos de Carvajal y Cueva.

Internamente la fortificación se organiza en torno a un patio porticado en uno de sus frentes, que se completa en altura con grandes ventanales de arcos carpaneles sostenidos sobre columnas. Las estancias y salones se distribuían entorno al patio, sobre todo ocupando la segunda planta.

Durante la Baja Edad Media el enfrentamiento entre Pedro I y Enrique II Trastámara, trajo consigo el progreso y la relevancia política de diversos linajes como  los Carvajales. Linares se consolida como un núcleo rural de cierta entidad, apareciendo en las fuentes como una de las aldeas más pobladas del Concejo de Baeza a principios del siglo XV. Una situación que serviría como acicate para atraer a nobles de segunda fila e hidalgos.

En estos momentos las fortalezas rurales que constituían la vivienda característica de la nobleza empiezan a aparecer también en las ciudades, como viviendas nobiliarias que incorporarán elementos defensivos. Fueron sólidas residencias de apariencia militar al exterior, pero refinadas en el interior. Podrían considerarse como auténticos baluartes en los que poder refugiarse en caso de que el desarrollo de los enfrentamientos nobiliarios urbanos.

A este período corresponde el Castillo de la Tobaruela, una obra militar muy tardía que refleja la situación de lucha política de finales de la Edad Media. Los Reyes Católicos con el objetivo de finalizar los conflictos nobiliarios que habían caracterizado los siglos anteriores, mandaron destruir numerosos castillos, al tiempo que prohibían la construcción de otros nuevos. Algunos señores omitiendo la legislación, edificaron fortalezas, como es el caso del Castillo de la Tobaruela, construido en 1475 por Alonso Sánchez Carvajal, en el marco de sus enfrentamientos con Juan de Benavides. Con el objetivo de eludir la prohibición real, y de esta manera evitar solicitar la autorización de los monarcas, Alonso Sánchez Carvajal justificó la construcción de este castillo ante las autoridades, argumentando que las obras ejecutadas perseguían la restauración de una antigua fortaleza, lo que ha planteado la hipótesis de que pudo ser edificado sobre una fortificación anterior.