El castillo de Baños de la Encina, tradicionalmente ha sido considerado una obra califal a partir de la confusión generada por una lápida fundacional que le fue atribuida erróneamente, constatándose que la misma estuvo emplazada en la muralla de Talavera de la Reina, siendo todos los epígrafes que se han registrado en la localidad de carácter funerario. La fortaleza ocupa la zona de mayor altitud del Cerro del Cueto, mientras que la población de Baños de la Encina se extiende por sus vertientes norte y este, junto a uno de los afluentes más caudalosos e importantes del río Guadalquivir, el Rumblar.

Se trata de un monumental recinto defensivo, conformado por paños de muralla jalonados por quince torres cuadradas de tapial de argamasa (Tabiyya), revestido con cal que reproduce la técnica del “falso despiece”, entre las que destaca la torre norte por sus dimensiones. El recinto se adapta perfectamente a la orografía del terreno, conformando una fortaleza amurallada con forma elíptica, estratégicamente posicionada, ya que controla Sierra Morena por el norte y toda la campiña jiennense, por el sur. 

En el espacio interior se disponen diferentes estancias, en su mayoría de planta cuadrada, a ambos lados del recinto, existiendo en la zona central, la más elevada del cerro, un aljibe de planta rectangular, dividido en dos salas por un muro medianero, cubiertas por bóvedas de cañón.

La entrada al recinto se realizaba en recodo, utilizando un estrecho pasillo que se formaría entre la muralla y las diferentes estancias, para alcanzar la parte sur del recinto o incluso el acceso al aljibe. De la misma forma, hacia el norte, las dependencias de la fortaleza estarían separadas o distribuidas siguiendo otro vial, en esta ocasión empedrado, que llegaría hasta la torre más septentrional del recinto. Estas dos calles, que circulan de sur a norte, dividen y ordenan la mitad septentrional del castillo en tres alargados espacios, a la vez que daban acceso a las torres, en cuyo interior se disponen pequeñas estancias superpuestas. Ambas calles se cortan con la reforma cristiana y la construcción del alcazarejo, pero se conservan algunos restos en este nuevo espacio cristiano.

Enfrentada con la entrada principal, en la zona occidental del lienzo de muralla, se emplaza la Pontanilla, puerta delimitada por dos muros, posteriormente reformados, con el mismo sistema defensivo que la entrada principal, con un pasillo estrecho y quebrado.

Tras la conquista por Fernando III de Castilla en 1225 se produce un reordenamiento interno del castillo y de su sistema defensivo. 

Se construye en la zona norte el Alcazarejo, con un torreón circular y dos murallas de sillarejos que se adosan a los lienzos musulmanes del castillo. Así se obtiene un espacio romboidal, que se convierte en el último reducto defensivo y protege la Torre del Homenaje, que sustituye a la original torre islámica. De mayores dimensiones y edificada en mampostería, se accedería a ella por los adarves laterales. En el interior del recinto externo se han documentado otras dependencias castellanas, como un espacio de almacén y bodega en el rincón este y estructuras posiblemente destinadas a horno para pan y lagar.

La utilización del Castillo como cementerio hasta 1928, afectó gravemente a los restos arqueológicos, pudiéndose observar en la actualidad las improntas de los nichos en algunos lienzos de la muralla oeste.

La riqueza minera y su ubicación estratégica atrajeron pobladores desde época prehistórica al Cerro del Cueto. La primera ocupación de importancia registrada, ligada al auge de la minería del cobre y después del bronce data del II milenio a.n.e., coincidiendo temporalmente con el poblado de Peñalosa. Son asentamientos con las similares características, que se deben considerar de la misma estructura político-económico-social. 

La ocupación iberorromana parece concentrarse en la zona más alta del cerro, donde se han documentado varias fases de ocupación casi ininterrumpidas que se extienden desde el ibérico pleno hasta época romana tardía. 

Tras la conquista musulmana de la Península Ibérica, la población se instalaría en las faldas del recinto defensivo. En la zona más elevada debió existir un bastión militar que reutilizaría los muros y lienzos preexistentes.

Tradicionalmente se ha considerado que el castillo de Baños de la Encina fue edificado durante el reinado de al-Hakam II en la segunda mitad del siglo X, a partir de la atribución errónea de una lápida epigráfica depositada en el Museo Arqueológico Nacional, sin embargo, las últimas investigaciones han puesto de manifiesto la edificación de este conjunto defensivo en un periodo anterior a los acontecimientos bélicos que culminaron con la Batalla de las Navas de Tolosa (1212), para servir de baluarte defensivo junto a los castillos de Castro Ferral, Las Navas de Tolosa o Vilches, ante el avance de las tropas cristianas, guiadas por sus monarcas, entre los que destacarían Alfonso VII y Alfonso VIII.

Tras su conquista en 1225 por Fernando III, pasó a formar parte de un amplio territorio concejil bajo la jurisdicción de la ciudad de Baeza, siendo objeto de significativas remodelaciones internas concentradas en la parte más septentrional de la fortaleza.

A lo largo de los siglos XVI y XVII, la población va realzando su poder económico y social con la construcción de grandes edificios señoriales de familias de un cierto rango social, provenientes sobre todo de Baeza y Linares, que se irán estableciéndose a ambos lados de la vía principal. La posibilidad de que la villa estuviese delimitada por una cerca muraria, con una función más fiscal que defensiva, está avalada por algunos vestigios aún perceptibles en el núcleo urbano. En época de Felipe IV, en 1626, Baños adquiere la independencia jurisdiccional, desgajándose del gran Concejo de Baeza.

El castillo parece mantener su carácter militar hasta el siglo XVII, a partir del cual sufrirá un proceso de deterioro y abandono que se prolongará con toda probabilidad hasta el siglo XIX, cuando se comenzará a utilizar el patio de armas como cementerio municipal hasta bien entrado el siglo XX.