Das Archäologische Museum besteht aus drei Räumen, einem ersten Raum, der der Vorgeschichte gewidmet ist und in dem Sie alle materiellen Überreste der Altsteinzeit, der Mittelsteinzeit, der Jungsteinzeit, der Chalkolithik und der Metallzeit sehen können.

Der Inhalt der Vitrinen in diesem Raum ist sehr reichhaltig. In einem ersten Fundstück aus mittelpaläolithischen lithischen Überresten wie Proto-Bifaces bis hin zu argarischen Pfeilen vom Typ "Palmeta", die bereits in der Metallzeit hergestellt wurden. Die Rekonstruktion einer paläolithischen Höhle und einer neolithischen Hütte, die zur didaktischen Wette dieses Raumes wird.

Der zweite Raum ist der Geschichte gewidmet, angefangen von den kolonisierenden Völkern bis hin zur Neuzeit. Er zeigt eine wichtige Auswahl iberischer, römischer und muslimischer epigraphischer Überreste sowie eine umfangreiche und sehr vollständige numismatische Sammlung. Hinzu kommen alle Arten von Keramik-, Glas- und Marmorartefakten, die diesen Raum zum vollständigsten im Museum machen. In diesem Raum widmet er sich auch der Interpretation archäologischer Denkmäler, in diesem Fall der realen Rekonstruktion des Fürstengrabes der Nekropole von Piquía, einem Grab von bedeutenden Dimensionen, in dem eine herausragende Grabausrüstung gefunden wurde, von denen insgesamt 7 attische Keramikgefäße hervorstechen, von denen 4 vom Archäologenteam des Andalusischen Zentrums für iberische Archäologie der Universität restauriert wurden von Jaén.

Der dritte Raum ist zwei berühmten Persönlichkeiten aus der Geschichte von Arjona gewidmet, El Rey Alhamar und Helvia Paulina, beide in Arjona geboren, die in ihrer jeweiligen muslimischen bzw. römischen Zeit sehr prominent waren. Ergänzt wird dieser Raum durch einen audiovisuellen Raum, der mit dem Ziel geschaffen wurde, die vom Museum für den Besucher programmierten Aktivitäten abzuschließen.