Le 28 septembre 1591, Fray Juan de la Cruz arrive au couvent d'Úbeda pour «guérir de la fièvre». Ici, il reste jusqu'à sa mort dans une pauvre cellule de ce couvent. C'est la rencontre définitive avec le Bien-Aimé, à minuit entre le 13 et le 14 décembre, Fray Juan va "chanter Matines au Ciel". Ce verset qu'il a écrit: "briser le tissu de cette douce rencontre" est devenu réalité.

À partir de ce moment, le couvent d'Úbeda est devenu un foyer qui a rayonné la spiritualité du mystique carmélite aux pieds nus. Les religieux de cette communauté ont toujours ouvert leurs portes à tous ceux qui ont connu la figure unique de Fray Juan. Enfin, en 1978, le musée de San Juan de la Cruz a été inauguré, rassemblant diverses reliques et autres souvenirs liés au Saint, et préparant le visiteur à une visite de sa vie et de sa doctrine. Il s'est également enrichi d'une remarquable bibliothèque spécialisée dans les questions de San Juan et de spiritualité.

Au cours de l'année jubilaire 2000, le Musée a subi une réforme importante, augmentée avec un grand nombre d'œuvres des couvents de la Province du Saint Ange Gardien d'Andalousie. Ainsi, le Musée dispose actuellement de douze salles où le visiteur peut faire connaissance avec cette grande figure universelle de la pensée et de la spiritualité chrétiennes.