Am 28. September 1591 kam Fray Juan de la Cruz im Úbeda-Kloster an, um "etwas Fieber zu heilen". Hier bleibt er bis zu seinem Tod in einer armen Zelle dieses Klosters. Es ist das endgültige Treffen mit dem Geliebten, zwischen dem 13. und 14. Dezember um Mitternacht geht Fray Juan, "um Matins in den Himmel zu singen". Dieser Vers, den er schrieb: "Brechen Sie den Stoff dieser süßen Begegnung", ist wahr geworden.

Von diesem Moment an wurde das Kloster von Úbeda zu einem Schwerpunkt, der die Spiritualität des barfüßigen karmelitischen Mystikers ausstrahlte. Die Ordensleute dieser Gemeinschaft öffneten immer ihre Türen für alle, die die einzigartige Figur von Fray Juan kennen lernten. Schließlich wurde 1978 das Museum San Juan de la Cruz eingeweiht, in dem verschiedene Relikte und andere Erinnerungen gesammelt wurden, die mit dem Heiligen in Verbindung standen, und der Besucher eine Tour durch sein Leben und seine Lehre vorbereitete. Es wurde auch mit einer bemerkenswerten Bibliothek angereichert, die sich auf San Juan und Spiritualitätsfragen spezialisiert hat.

Im Jubiläumsjahr 2000 wurde das Museum einer wichtigen Reform unterzogen, die mit einer Vielzahl von Werken aus den Klöstern der Provinz des Heiligen Hüterengels von Andalusien zunahm. Auf diese Weise verfügt das Museum derzeit über zwölf Räume, in denen der Besucher diese große universelle Figur des christlichen Denkens und der Spiritualität kennenlernen kann.