Au milieu du XVIe siècle, une rénovation totale de l'ancienne usine médiévale est prévue pour accueillir une congrégation de plus en plus nombreuse, qui atteint en 1575 près de cinq mille âmes. Documentement, nous avons la preuve qu'en 1553 Andrés Vandelvira, en compagnie de son arpenteur Alonso Barba, était à Úbeda pour donner une procuration générale pour les poursuites, ce qui fait penser à VM Ruiz Fuentes une intervention plus que probable du maître en ce grand projet, dans lequel la construction d'un temple colossal avec un plan d'étage en croix latine avec trois nefs séparées par des piliers était envisagée. Cependant, de cet ambitieux projet, seuls sa tête et son transept furent relevés au XVIe siècle, laissant les trois nefs réduites à une seule, érigée tout au long du XVIIe siècle.

L'élévation de cette nef, couverte d'un tonneau aux chapelles de niche parsemées de pilastres corinthiens, ne se heurte pas au reste de l'usine. Cependant, l'ensemble architectural le plus clairement vandelvirien est situé dans la chapelle principale et dans le transept, bien qu'une grande partie de son exécution matérielle ait été réalisée après la mort de Vandelvira en 1575. VM Ruiz Fuentes a documenté que les travaux ont été confiés à Pedro de Mazuecos et Juanes de la Carrera, maîtres tailleurs de pierre auteurs des chapelles du côté évangélique du transept; Des années plus tard, lors de la visite de Mgr Sarmiento de Mendoza en 1578, les travaux sur les chapelles du côté de l'épître, la chapelle principale et la tour reçurent l'ordre de se poursuivre. En 1589, ce même prélat, accompagné du sculpteur Sebastián de Solís, visiteur et surveillant des travaux de l'évêché, ordonna de nouveau à l'usine de continuer, de telle sorte qu'en 1604 la chapelle principale était déjà couverte. En tout cas, le déroulement des œuvres sur la tête et le transept, dirigé selon toute vraisemblance par Andrés de Vandelvira, puis -après sa mort par son disciple Alonso Barba jusqu'à sa mort en 1595, montre le répertoire architectural utilisé par les deux maîtres de la maçonnerie.

À San Isidoro, le schéma utilisé par Vandelvira dans la cathédrale de Jaén de doubles chapelles-niches jumelées par section est reproduit avec une grande beauté, qui dans ce cas sont complétés par de beaux reliefs sculpturaux qui nous rappellent ceux utilisés par le maître en partie dans le chapelle principale de S. Francisco de Baeza, mettant en évidence parmi elles celles des Vertus allongées à la manière classique sur l'arche des chapelles de tradition siloesque. Dans le reste de l'élévation du corps du transept, la marque Vandelvira est également évidente dans les superbes demi-piliers corinthiens dans les angles, qui rappellent les employés de l'église dominicaine de La Guardia et de la cathédrale de Jaén.

AUTRES MANIFESTATIONS ARTISTIQUES NON ARCHITECTURALES

Cette paroisse ne conserve pas de biens mobiliers de grande valeur, puisque la conversion de son ancienne usine gothique par une usine Renaissance a épuisé les fonds de son usine. Cependant, il avait un retable majeur d'intérêt, qui vers 1584 a été inspecté par Sebastián de Solís pour le reconstruire selon un nouveau plan conçu par lui. Tout son patrimoine mobilier détruit en 1936, il vaut aujourd'hui la peine de souligner dans son imagerie le Christ de la Colonne (1942) et María Santísima de la Caridad (1960); Les deux images ont été commandées par la Cofradía de la Columna au sculpteur Francisco Palma Burgos, qui a également dessiné leurs trônes respectifs ainsi que l'ornementation de la chapelle dans laquelle ils sont vénérés, ouverte sur la nef de l'église du côté évangélique. Du sculpteur Nicolás Prados est l'image en procession de Nuestra Señora de las Angustias (1943).