Le nouveau bâtiment est le résultat de l'agrégation de plusieurs maisons, dans lesquelles le corps de la façade a été transformé et unifié. Ce manoir a conservé son utilisation jusqu'en 1851, lorsque l'abbaye d'Alcalá la Real a été abolie. Après des années de destin incertain, il est devenu l'archive abbatiale et la résidence de l'archiprêtre du territoire ecclésiastique.

En 1927, le bâtiment devint propriété municipale; installer des salles de classe scolaires et d'autres services. La guerre civile a causé des dommages importants au bâtiment qui a été restauré par la Direction générale des régions dévastées pour lui donner de nouvelles utilisations. En 1959, c'était le siège du Centre officiel du Conseil des écoles secondaires, qui deviendra plus tard le Lycée "Alfonso XI". En 1995, le conseil municipal et le comité des travaux publics de la Junta de Andalucía ont commencé sa réhabilitation pour des usages plus conformes à la demande culturelle de la ville.

Actuellement, et après quatre ans de réhabilitation, le palais de l'abbaye est le siège du musée municipal. Ce nouveau musée a été créé avec l'intention d'accueillir pour son exposition, sa conservation et sa diffusion des fonds archéologiques, ethnologiques, anthropologiques, paléontologiques et scientifiques. Tout ce patrimoine est organisé dans différents espaces d'exposition utilisant les nouvelles technologies. La visite du musée permet de connaître de manière innovante le patrimoine et les vestiges du passé et de l'histoire d'Alcalá la Real et offre au visiteur une vision globale pour connaître les singularités et les attraits de la ville et de ses environs.