Cette reconstruction a duré jusqu'au début du XXIe siècle, décelant alors de graves problèmes structurels qui ont obligé à démolir la voûte principale. (Actuellement en reconstruction).

Actuellement, son intérieur suit un style néo-gothique, avec un plan d'étage de trois nefs séparées par des arcs en ogive qui s'élèvent sur des piliers qui imitent de grands jambages, qui mènent à une voûte en nervure, la nef centrale étant plus haute que les latérales. Le presbytère est surélevé et possède un autel, dans la rue centrale duquel se trouve un vestiaire dans lequel se trouve la Vierge de los Dolores, patronne de la ville, œuvre de l'artiste né à Grenade Navas Parejo. De sa construction primitive, il ne reste qu'un seul couvercle, actuellement placé au pied de l'église, ce n'est pas son emplacement d'origine. Ce portail a été réalisé par Juan Marquina en 1531, dans le style plateresque, formé par un arc en plein cintre à voussoirs décorés de requins anges, sur des impostes et les écoinçons apparaissent des médaillons, surmonté d'un fronton rond dans le tympan duquel une niche est disposée, avec deux emblèmes ayant appartenu à l'origine au cardinal Merino, le tout sur des pilastres corinthiens décorés de candelieris.

À l'intérieur, à côté de l'image susmentionnée de Notre-Dame des Douleurs, nous trouvons l'image du propriétaire, San Juan Bautista de Jose Risueño, Nuestro Padre Jesús Nazareno de Palma Burgos, le Santísimo Cristo de la Expiración de José Garcés ou le San Antonio, l'œuvre du sculpteur grenadin Pedro de Mena, auquel Navas Parejo a ajouté l'Enfant en 1942 (Toutes ces images sont actuellement distribuées dans les différentes églises de la ville, en raison des travaux de restauration en cours dans l'église de San Juan).

Outre les images mentionnées précédemment, nous devons souligner le Tabernacle, qui a été réalisé par l'archiprêtre d'Arjona Juan Antonio León, grâce aux dons d'or et d'argent donnés par les paroissiens en dons vers 1950.