La Zona Arqueológica de Marroquíes Bajos ha sido para la ciudad de Jaén un todo, un antes y un después. Los más de 25 años de intervenciones arqueológicas han permitido una importante revisión de la historia del municipio.

Marroquíes Bajos es uno de los asentamientos más importantes del sur peninsular, no sólo por la extensión de más de 130 ha., sino porque contiene una de las secuencias culturales más completas y complejas de nuestro país, pues alberga cuatro ocupaciones  que han definido la manera de vivir de los pueblos que ocuparon esta tierra desde el neolítico, calcolítico, ibérica, romana y visigoda. Es decir, desde la segunda mitad del IV milenio a. C. hasta la actualidad, pasando por 19 fases distintas, otorgando al yacimiento de una complejidad espacial y diacrónica mayúscula.

Su forma de ocupación se orienta a la explotación de los recursos agrícolas y al desarrollo de las técnicas hidrológicas necesarias para su aprovechamiento intensivo. Los sistemas de canalización se suceden en el tiempo y bajo las acequias, aún en funcionamiento, se han localizado drenajes del siglo XVII; atarjeas, canales y molinos de noria islámicos; molinos, albercas y canales romanos; y soportándolo todo, el gran sistema hidráulico prehistórico que continúa aún hoy decidiendo sobre las trayectorias de las aguas subterráneas en la zona. La presencia de poblamiento continuado en este lugar tiene mucho que ver con su valor estratégico, ya que el norte de Jaén, donde se encuentra el yacimiento, está dominando la cuenca fluvial del arroyo La Magdalena y donde confluyen otros arroyos menores creando una pequeña cuenca hidrográfica que ha tenido un enorme valor estratégico y económico a lo largo de la historia. Los aportes aluviales de estos cursos de agua, han acabado formando una cubeta sedimentaria agrícolamente muy fértil, haciendo de la zona un lugar idóneo donde asentarse.

Las primeras evidencias de poblamiento son del Neolítico (segunda mitad del IV milenio a. C.), como un pequeño campamento estacionario con estructuras  semisubterráneas.

Fue durante el Calcolítico (III milenio a II milenio a. C.) cuando el poblamiento adquirió realmente importancia, conformándose una macro-aldea de 35 ha confirmadas y hasta más de 100 ha estimadas, con funciones definidas y donde el reaprovechamiento de las diferentes estructuras y remodelaciones serían constantes. El espacio habitado se confería mediante una serie de anillos concéntricos delimitados por un sistema de fosos (multifuncionales) de agua excavados. Flanqueados en el interior por empalizadas de maderas y muros de adobe o piedra; presentando accesos e incluso bastiones. El sistema de fosos permitía además recoger agua de los manantiales del cerro de Santa Catalina facilitando la irrigación de las tierras aledañas. La magnitud de los fosos sería manifiesta, existiendo entre 5 y 6 fosos de unos 650 m. a 1.900 m. de diámetro. Tal importancia tuvo el sistema de fosos que aún hoy en día altera la topografía de la ciudad, adecuándose esta a su disposición.

Las diferentes estructuras se articularían en los anillos definidos entre los fosos y las empalizadas, con planta circular y sección acampanada, tamaños variables y excavadas, al igual que los fosos, en la roca. Un segundo tipo de estructuras serían la cilindro-cónicas, realizadas con un entramado de ramas y barro, sustentadas por un poste y cuyo perímetro estaría definido por una zanja excavada en la roca. Por último, un tercer tipo serían cabañas de planta oval o circular con un zócalo de piedra. También destacan estructuras destinadas a almacenaje: con silos excavados en la roca, de planta circular y sección acampanada. Respecto a las estructuras funerarias, destacan la existencia de fosas con enterramientos múltiples similares a las destinadas al hábitat.

El asentamiento ibérico es de menores dimensiones, teniendo la mayoría de las estructuras semiexcavadas en la roca y realizadas con materiales potencialmente perecederos.

En la fase romana se pueden identificar varias áreas; con restos republicanos y una importante ocupación alto imperial (siglos I y II d. C.), destacando diversas estructuras destinadas al regadío como canales, balsas y, en especial, una imponente cisterna realizada en cemento romano (opus caementicium). Además, se han encontrados restos de una villa y una necrópolis de inhumación de época tardorromana o altomedieval cristiana.

Tras una breve etapa visigoda entramos en la fase islámica, con una gran densidad de dispersión de estructuras emirales, la rápida destrucción de las viviendas califales y la compleja configuración de construcciones almohades. Además, destaca la constate reutilización de estructuras romanas durante época almohade.

La magnitud y la importancia del yacimiento dieron lugar a su inscripción con carácter específico en el Catálogo General del Patrimonio Histórico Andaluz con la categoría de Zona Arqueológica según la Orden del 22 de octubre de 2003.