A mediados del siglo XVI se proyectó una total renovación de la antigua fábrica medieval para dar cabida a una feligresía cada vez más numerosa, que llegó a alcanzar en el 1575 casi cinco mil almas. Documentalmente tenemos constancia que en 1553 Andrés Vandelvira, en compañía de su aparejador Alonso Barba, estuvo en Úbeda para otorgar un poder general para pleitos, hecho este que hace pensar a V. M. Ruiz Fuentes en una más que probable intervención del maestro en este magno proyecto, en el que se contemplaba la construcción de un colosal templo de planta de cruz latina con tres naves separadas por pilares. Sin embargo, de aquel ambicioso proyecto sólo se levantó su cabecera y crucero en el siglo XVI, quedando las tres naves reducidas a una, que se fue levantando a lo largo del siglo XVII.

El alzado de esta nave, cubierta con medio cañón con capillas hornacinas jalonadas por pilastras corintias, no desentona con el resto de la fábrica. No obstante, el conjunto arquitectónico más claramente vandelviriano se sitúa en la capilla mayor y en el crucero, aunque gran parte de su ejecución material se llevó a cabo ya muerto Vandelvira en 1575. V. M. Ruiz Fuentes ha documentado que la obra estuvo contratada con Pedro de Mazuecos y Juanes de la Carrera, maestros canteros autores de las capillas del lado del Evangelio del crucero; años después, en la visita del obispo Sarmiento de Mendoza en 1578, se ordenó seguir los trabajos de las capillas del lado de la Epístola, capilla mayor y torre. En 1589 este mismo prelado, acompañado del escultor Sebastián de Solís, visitador y veedor de las obras del Obispado, una vez más mandó proseguir la fábrica, de tal forma que para 1604 la capilla mayor ya está cubierta. De cualquier forma, el curso de las obras de la cabecera y crucero, dirigidas en sus inicios con toda probabilidad por Andrés de Vandelvira, y luego -tras su muerte por su discípulo Alonso Barba hasta la muerte de este en 1595, muestra el repertorio arquitectónico empleado por ambos maestros de cantería.

En San Isidoro se reproduce con gran belleza el esquema utilizado por Vandelvira en la Catedral de Jaén de dobles capillas-hornacinas pareadas por tramo, que en este caso se completan con bellos relieves escultóricos que nos recuerdan a los utilizados por el Maestro en parte en la capilla mayor de S. Francisco de Baeza, destacando entre ellos los de las Virtudes recostadas a la manera clásica sobre el arco de las capillas de tradición siloesca. En el resto del alzado del cuerpo del crucero la marca Vandelvira queda igualmente patente en los soberbios semipilares corintios de las esquinas, que nos recuerdan a los empleados en la iglesia dominica de La Guardia y en la Catedral de Jaén.

OTRAS MANIFESTACIONES ARTÍSTICAS NO ARQUITECTÓNICAS

No conserva esta parroquia bienes muebles de gran valor, pues la reconversión de su antigua fábrica gótica por otra renacentista agotó los fondos de su fábrica. No obstante, contó con un retablo mayor de interés, que en torno a 1584 fue inspeccionado por Sebastián de Solís para recomponerlo con arreglo a una nueva traza diseñada por él. Destruido todo su patrimonio mueble en 1936, en la actualidad es digno de resaltar dentro de su imaginería el Cristo de la Columna (1942) y María Santísima de la Caridad (1960); ambas imágenes fueron encargadas por la Cofradía de la Columna al escultor Francisco Palma Burgos, que también diseño sus tronos respectivos así como la ornamentación de la Capilla en la que se veneran, abierta a la nave de la iglesia en su lado del Evangelio. Del escultor Nicolás Prados es la imagen para procesionar de Nuestra Señora de las Angustias (1943).