Esta reconstrucción ha perdurado hasta principios del Siglo XXI, detectándose entonces graves problemas estructurales que obligaron a derruir la bóveda principal. (Actualmente en reconstrucción).

Actualmente su interior obedece a un estilo Neogótico, con una planta de tres naves separadas por arcos apuntadas que se levantan sobre pilares que imitan a grandes jambas, que desembocan en una bóveda de nervadura, siendo la nave central más alta que las laterales. El presbiterio se encuentra elevado y presenta altar, en cuya calle central hay un camarín en el que se encuentra la Virgen de los Dolores, patrona de la localidad obra del artista granadino Navas Parejo. De su primitiva construcción solamente queda una portada, colocada actualmente a los pies de la iglesia, no siendo este su ubicación original. Esta portada fue realizada por Juan Marquina en 1531, de estilo plateresco, formada por un arco de medio punto con las dovelas decoradas por angelotes, sobre impostas y las enjutas aparecen medallones, rematada con un frontón redondo en cuyo tímpano se dispone una hornacina, con dos emblemas que originariamente eran del Cardenal Merino, todo ello sobre pilastras corintias con decoración de candelieris.

En su interior junto a la ya mencionada imagen de Nuestra Señora de los Dolores, encontramos a la imagen del titular, San Juan Bautista obra de Jose Risueño, Nuestro Padre Jesús Nazareno de Palma Burgos, el Santísimo Cristo de la Expiración de José Garcés o el San Antonio, obra del escultor granadino Pedro de Mena, al que Navas Parejo añadió el Niño en 1942 (Todas estas imágenes se encuentran actualmente repartidas en las distintas Iglesias de la localidad, debido a las obras de restauración que se están llevando a cabo en la Iglesia de San Juan).

Junto a la imaginería anteriormente nombrada hay que destacar el Sagrario, que fue realizado por el Arcipreste de Arjona Juan Antonio León, gracias a los donativos de oro y plata entregados por los feligreses en donativos en torno a 1950.