El Museo arqueológico consta de tres salas, una primera sala dedicada a la Prehistoria, donde se puede observar todo los restos materiales del Paleolítico, Mesolítico, Neolítico, Calcolítico y Edad de los Metales.

El contenido de las vitrinas de esta sala es muy rico, En una primera encontrando desde, restos líticos del Paleolítico Medio como Proto-Bifaces a flechas Argáricas de tipo "Palmeta", elaboradas ya en época de los metales. En esta Sala se puede observar la reconstrucción de una cueva Paleolítica y una Cabaña Neolítica, que se convierte en la apuesta didáctica de esta sala.

La Segunda Sala esta dedicada a la Historia, partiendo desde los pueblos Colonizadores a la época moderna, destacando una muestra importante de restos epigráficos Íberos, Romanos y Musulmanes, junto con una extensa y muy completa colección numismática. A esto se la añade todo tipo de artefactos cerámicos, en vidrio y mármol que hacen de esta sala la más completa del museo. En esta sala también se apuesta por la interpretación de monumentos arqueológicos, en esta caso cobra protagonismo la reconstrucción a escala real de la Tumba Principesca de la Necrópolis de Piquía, tumba de dimensiones importantes en la cual se encontró un prominente ajuar funerario, entre el que destaca un total de 7 vasos cerámicos áticos, 4 de los cuales han sido restaurados por el equipo de arqueólogos del Centro Andaluz de Arqueología Íbera de la Universidad de Jaén.

La tercera sala está dedicada a dos personajes ilustres de la historia de Arjona, El Rey Alhamar y Helvia Paulina, ambos nacidos en la localidad, los cuales han sido muy destacados en sus respectivos periodos Época Musulmana y Romana respectivamente. Esta Sala se complementa con una Sala de Audiovisuales, que nace con el objetivo de completar las actividades programadas por el museo para el visitante.