La paroisse de San Miguel, éteinte en tant que telle en 1843, fait partie de l'ensemble des temples en ruines au XIXe siècle, mais son usine gothique-mudéjar, ainsi que les éléments ajoutés au XVIe siècle tels que la tour et la façade, ont eu meilleure chance que ceux de San Pedro, Santa Cruz, Santiago, Salvador ou San Lorenzo, dont seul un travail archéologique consciencieux fournirait certaines données sur leur conformation.

Les vestiges suivants de San Miguel persistent encore parmi les habitations attenantes: l'abside de l'église aux fenêtres en brique de tradition mudéjar, la crypte, l'une des chapelles latérales, une partie de la tour, la paroi latérale de la sacristie, quelques encorbellements du nef centrale et sa belle couverture. La conservation de cette couverture était une source de préoccupation pour les historiens du XIXe siècle; Particulièrement significative est la description que Pi y Margall en fit et l'église en 1885: «La façade de l'église de San Miguel et celle de la cathédrale révèlent, jusque dans ses moindres détails, élégance, délicatesse et goût. Quel dommage qu'une si belle œuvre soit condamnée à disparaître! L'église à laquelle il a ouvert le chemin est déjà une cour où les eaux du ciel font pousser l'herbe; et il y a la couverture seule, complètement isolée. Qui doutera de sa chute?

Heureusement, l'inquiétude sur le sort de cette pièce unique a également fait son chemin dans les autorités locales. En 1918, le Conseil de Jaén a accepté de promouvoir le dossier pour sa déclaration en tant que monument artistique. En 1920, le transfert à l'église de San Pedro était prévu, à l'époque en reconstruction, bien qu'il n'en reste pour l'instant rien. Mais ce ne serait pas dans ce temple où il se trouve finalement, mais dans le futur Musée Provincial, agréé dans l'année susmentionnée de 1920, étant le Ministre de l'Instruction Publique et des Beaux-Arts le Giennense Don José del Prado y Palacios. Le projet a été en grande partie réalisé par l'architecte A. Flores Urdapilleta. Le portail préside la cour du Musée dans l'axe de celle du Pósito (XVIe siècle), placé à l'extérieur du bâtiment.

L'historiographie a traditionnellement lié cette couverture de San Miguel à Andrés de Vandelvira. L'un des premiers chercheurs à le faire fut peut-être Dean Mazas en 1794: «Les églises paroissiales sont dans ce mauvais état de leur fondation, à l'exception d'une couverture aménagée qui fut ajoutée plus tard comme celle de San Miguel à la main, ou sous la direction de Vandelvira (. ..) ". Bien que les références documentaires sur la commande soient inconnues, jusqu'à présent, la formulation architecturale indique directement la paternité d'Andrés de Vandelvira.

Selon la page de titre elle-même, il a été construit entre 1560 et 1561, avec Don Diego de los Cobos étant le prélat du diocèse, promoteur de l'hôpital Santiago à Úbeda, conçu et dirigé par Andrés de Vandelvira. La couverture de San Miguel est l'une des pièces les plus claires de Vandelvira, dont le dessin d'inspiration siloesque a déjà été développé sur le bas du corps de la couverture des pieds d'El Salvador de Úbeda; son schéma de composition d'un seul corps (répété sur la façade de San Nicolás de Úbeda et San Juan Evangelista de Mancha Real) est constitué d'un arc en plein cintre flanqué de paires de colonnes corinthiennes sur des piédestaux avec des niches veinées dans les intercolumniations, qui resteront jusqu'au milieu du XVIIe siècle dans ce qu'on a appelé l'école vandelvirienne; L'inscription suivante court sur l'entablement: «Cette couverture fut achevée en 1561, étant l'évêque de Jaén le plus illustre. et le très révérend MD Diego de los Cobos »; Il est complété par une niche pour abriter le saint titulaire et divers éléments géométriques, également très vandelviens.