Elle compte plus de 1 290 espèces végétales répertoriées.

La flore de la Sierra Mágina reflète la rencontre entre les montagnes méditerranéennes et les oliveraies. Dans les basses altitudes, les oliveraies dominent, façonnant le paysage et constituant le fondement de l'économie locale et de l'huile d'olive bénéficiant de l'Appellation d'Origine Protégée (AOP) Sierra Mágina. Parmi les oliveraies se nichent des vergers, des amandiers, des cerisiers et de petits arbres fruitiers qui profitent de l'eau des sources et des fontaines, témoignant de la longue tradition agricole de la région.

En altitude, le climat est plus froid et le sol plus caillouteux. On y trouve des plantes basses et très rustiques, comme le genévrier rampant et l'aubépine, ainsi que quelques forêts de pins corses, notamment au Pinar del Gargantón. Ces sommets abritent également des plantes uniques au monde, comme le Junirea fontqueri, une espèce menacée, la glandora, une vingtaine d'espèces d'orchidées sauvages et d'autres encore, faisant de la Sierra Mágina l'un des sites les plus riches et les plus singuliers d'Andalousie.

À moyenne altitude, prédominent les forêts mixtes de chênes verts et de chênes gallicoles, parsemées d'arbustes abondants tels que le genévrier et le genévrier savin. Le Pinar de Cánava se distingue comme l'un des plus beaux exemples de forêt de pins noirs.

Les vallées et les berges complètent la mosaïque végétale : le long du fleuve Cuadros, par exemple, une vaste forêt de lauriers-roses est préservée, constituant l'une des formations de végétation riveraine les plus représentatives de la région ; et dans des localités comme Pegalajar, les vergers en terrasses témoignent de l'adaptation historique de la population au terrain et de l'utilisation traditionnelle de l'eau.